在1977年至1991年間，學校的各項工作走上了正常的發展軌道，在改革開放中全面穩步發展。與新時期高等醫學教育發展要求相適應，黨政機構逐步健全，教學工作不斷開拓進取，積極發展對外交流，強化后勤、基建管理，面向經濟建設進行科技開發，思想政治教育銳意創新，取得了一系列可喜成績。
1977年恢復了高等學校統一招生考試制度，要求考生必須具有高中畢業和同等學歷文化水平，通過統一入學文化考試，由學校以德、智、體全面衡量，擇優錄取。1981年國家頒發了“中華人民共和國學位條例暫行實施辦法”，規定高等學校本科學生完成教學計劃的各項要求，學業成績優良者，授予學士學位。
同年，山東醫學院醫學系恢復招生，學制5年。山東醫學院自1977年后除設有本科醫學、藥學專業外還設有口腔、衛生專業。1985年又增設護理學專業。學制均為五年（藥學專業四年），在醫學專業中，1979年經衛生部批準，山東醫學院設立英語醫學班。學制為六年（1988年改為五年），1988年經國家教委批準試辦七年制臨床醫學本科碩士生班。
為保證教學質量，衛生部于1978年1月頒發了高等醫學院校醫學專業教學計劃（試行草案），遵照衛生部計劃，制訂了山東醫學院各專業教學計劃。醫學專業由23門課程增加為30門課程，學時由2617增加為3467學時。畢業實習安排在縣級以上醫院進行。
根據中共中央和中共SD省委的有關指示精神和工作部署，
學校重抓規章制度建設，恢復了過去一些行之有效的管理辦法，制訂了各職能機構的職責范圍，實行考勤，進行了“三定”（即定規模、定任務、定編制）。總務后勤設備、圖書館等工作在為教學科研第一線服務的思想指導下，克服重重困難，保證了教學、科研的物資設備供應，改善了教師的生活、學習、工作條件。
多學科、多層次、多種形式辦學
1985年在山東醫學院發展的歷史上是具有重要意義的一年，5月14日衛生部以(85)衛教科字第34號文批準學校更名為“山東醫科大學”，學校的更名說明了國家將賦于更重的任務，也意味著學校在發展上又進入了一個新的階段。
在學校更名的同年，增設了高級護理專業，至此學校有了臨床醫學、預防醫學、口腔醫學、藥學、護理學5個專業，有碩士研究生、博士研究生，有本科生、專科生；有夜大學、函授大學；1988年學校又增設了七年制（臨床醫學）專業，學校成了一個多學科、多層次、多種形式辦學的綜合性醫科大學。
為適應這種形式，在機構設置上也發生了變化。如職工教育辦公室于1989年撤銷成立成人教育處，負責管理夜大學、函授大學、專業證書班及進修班等。研究生科從科研處分出成立了研究生部。此外還成立了基建處，第二附院籌建處和外事處等。根據學校工作的需要，截至1990年底，學校教學行政單位設有基礎醫學部、臨床醫學部、預防醫學系、藥學系、口腔系、護理系、圖書館、社會科學部等8個系級單位；行政管理機構設有校長辦公室、教務處、科研處、總務處、人事處、計財處、設備處、研究生部、成人教育處、學生處、外事處、科技開發辦公室、保衛處（公安處）、基建處、監察室、審計辦公室、實驗中心、二附院籌建處等18個處級單位；醫療機構設有附屬醫院、口腔醫院；黨委系統管理機構設有紀律檢查委員會、黨委辦公室、組織部、宣傳部、統戰部、老干部處等部門；群眾團體設有工會和團委。
山東醫科大學認真貫徹全國高教工作會議精神，不斷深化教學改革：修訂教學計劃、調整課程安排、改革考試方法等，通過這些改革，有利地促進了教學質量的提高，在1989年，全校教學成果評比中有31個成果獲獎，其中1項獲國家教委優秀獎，6項分獲SD省一、二等獎。
對外交流與合作也是學校工作的重要內容。1992年至2000年7月，學校從校際交流、國際合作、留學生培養等各個方面加強了工作，對外交流與合作工作進入全面發展的時期。
1992年，學校取得了外國專家局頒發的聘請外國專家單位資格證書，具有了聘請外國專家的資格。1993年，學校完成了國家下達的外國專家、外國教師的聘請計劃，共聘請長期外教三人、短期外國專家五批九人來校講學，進行學術交流。這一年，學校積極組織外國專家、教師參加有關部門組織的活動。霍華德先生在省外辦組織的“外國友人話山東”活動中，榮獲全省唯一的一等獎。學校外事處榮獲省外辦頒發的組織獎。在省教委組織的外籍教學人員優秀論文評選活動中，學校外教的論文均入選。
1997年5月，為進一步做好外國專家和留學生的日常管理工作，學校與JN市公安局正式簽訂了《常住外國人管理安全責任書》，并配備了專門工作人員和有關設施，對外賓招待所的管理人員和服務人員明確責任分工。1997年至2000年7月，學校沒有發生任何涉外糾紛、重大涉外責任事故和涉外案件。
1996年12月，經SD省教委批準，學校正式成為具有接收外國留學生資格的高等醫學院校。1997年7月，學校決定錄取RB的阪口昭到附屬醫院內科消化專業學習。截至1998年5月，學校已接待了來自美、加、澳、韓、日等國的短期留學生30名。為了吸引更多的留學生來學校學習，學校于1998年5月加入了中國留學生信息網。
據《山東醫科大學史志》
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